De jongens in het Knapenkoor repeteren twee keer per week, op woensdag en vrijdag. Hierbij wordt zowel individueel als in groep gewerkt. De knapen krijgen aparte stemvorming van ervaren stempedagogen. Op vrijdag sluiten de mannen van het koor aan bij de groep. Zij nemen de drie onderste stemmen (alt, tenor en bas) voor hun rekening. Samen werken ze aan grotere en kleinere projecten, gemiddeld zo’n tweetal per jaar. Maar de boog staat niet altijd even gespannen. Eén keer per jaar gaat het koor op reis. De voorbije jaren streek het Flanders Boys Choir neer in onder andere Frankrijk, Engeland, Italië en Oostenrijk. Daarnaast wordt het koor ook geregeld uitgenodigd voor een concertreis.

In de muzikale carrière van elke knaap gebeurt op een gegeven moment het onvermijdelijke: de stem “breekt” en de hoge noten zijn niet langer haalbaar. Het mannenkoor zal hem dan met open armen ontvangen. Na een stemtest wordt beslist of de zanger altus, tenor of bas wordt. Het mannen- en knapenkoor vullen elkaar perfect aan, ook op de concerten, maar af en toe treedt het mannenkoor ook afzonderlijk op. Omdat de zangers uit het mannenkoor al wat meer ervaring hebben, repeteren zij maar één keer per week, op vrijdagavond.